Дерево сорта яблонь Джонатан отличается среднерослостью. Скелетные ветви, отходящие от ствола не под острым угло, образуют широкоовальную крону. Дерево начинает плодоносить на четвёртый-шестой год после посадки на карликовом подвое. Плоды сочные, с чётким ярко-красным окрасом. Мякоть зеленовато-белая, к концу хранения приобретает ярко выраженный кремовый цвет. Средний вес яблок сорта Джонатан 100-120 граммов. Но дерево в целом при умелом уходе и достаточном количестве влаги в почве довольно-таки многоплодное. Многие деревья могут давать до 400 и килограммов плодов за сезон.

   Сами деревья яблони сорта Джонатан зарекомендовали себя довольно плохо. Во-первых Джонатан очень боится холода - отмерзает старая древесина, что приводит к заболеванию яблони и, соответственно, к снижению урожая. Также яблони сорта Джонатан очень сильно подвержены поражению мучнистой росой, чем в ряде районов с повышенной влажностью завоевали себе славу неперспективного сорта. Плоды Джонатана тоже подвержены так называемомй джонатановской болезнью. Ничего серьёзного, но во время хранения до апреля-месяца на плода появляется характерная пятнистость, из-за чего они несколько утрачивают во внешнем виде.